A történet cselekménye egyszerre három szálon fut:
- A fő szál: Phineas és Ferb megépítik egy találmányukat, amihez mindenki túl fiatalnak találja őket, mégis általában engedélyt kapnak rá. Nővérük,Candace mindig megpróbálja megakadályozni őket, és bebizonyítani az anyjuknak, hogy öccsei mindennap építenek/készítenek valamit. Az anyjuk ezt nem hiszi el és az események mindig úgy alakulnak, hogy azt hiszi, Candace csak fantáziál.De egy részben sikerül őket lebuktatni,de a végén kiderül,hogy ez csak Kerry álma volt.
- A második szál: Dr. Doofenshmirtz, egy őrült tudós feltalál valamit, ami az egész "világra" veszélyes lehet. Phineas-ék kacsacsőrű emlőse Kerry(angolul Perry), aki valójában egy titkos ügynök, minden részben megakadályozza Dr. Doofenshmirtz gonosz tervét. A család nem tud Kerry munkájáról.
- A harmadik szál: Candace-nek tetszik egy fiú, Jeremy és úgy tűnik a fiú sem közömbös iránta. Mindig ott van, ahol Candace. Jeremy néha furcsállja Candace viselkedését (aki általában azon igyekszik, hogy lebuktassa öccseit), de nem igazán zavarja. Candace szeretne összejönni Jeremy-vel.
Ez a három szál általában összefonódik, az első kettő pedig minden részben összefügg. Phineas-nak és Ferbnek Dr. Doofenshmirtz "segít" abban, hogy ne bukjanak le anyjuk előtt, bár erről a szereplők nem tudnak. A találmányaik is összefüggnek. Kerry végig megőrzi a titkát, bár a gyerekeknek feltűnik, hogy eltűnik, de a végén mindig előkerül, így nem gondolkoznak azon, hogy hol volt napközben.